เกมดังกล่าวตั้งอยู่ในหกพื้นที่ ได้แก่ แจมมิงจังเกิล, เวกซิงวอลเคโน, สแลมมิงซี, แครงกิงคาสเซิล, แธรชชิงทุนดรา และดาวหางประดิษฐ์ของบิวเกลียร์ เนื่องจากเมกาไดรฟ์และเจเนซิสไม่มีพอร์ตคอนโทรลเลอร์ที่ห้า เมกาบอมเบอร์แมนจึงรองรับผู้เล่นสี่คนเท่านั้นแทนที่จะเป็นห้าคน นี่เป็นเกมแรกในซีรีส์ที่ใช้การออกแบบที่ทันสมัยของไวต์บอมเบอร์แมน บอมเบอร์แมน '94 ยังแนะนำลูอีที่ปรากฏในซีรีส์ นอกจากนี้ บอมเบอร์แมน '94 ยังแนะนำตัวละครที่กลับมาอีกหลายตัว เช่น บอมเบอร์หญิงและเด็ก (ซึ่งเป็นสกินหลายผู้เล่น) เรด/กรีน/บลูบอมเบอร์ และตัวร้ายรอง ซึ่งอาจเกิดจากการรวมสกิน "ปกติ" เข้ากับสีที่สอดคล้องกัน